中國首次獲得寨卡病毒全基因組序列 由賽默飛助力完成測定
2月22日,記者從解放軍軍事醫(yī)學科學院獲悉,春節(jié)期間,中國廣東省出現(xiàn)寨卡病毒輸入性感染病例后,該院微生物流行病研究所迅即啟動應(yīng)急工作機制,與廣州市第八人民醫(yī)院、出入境檢驗檢疫系統(tǒng)相關(guān)單位密切合作,在獲得從委內(nèi)瑞拉歸國患者臨床標本后,采用高通量測序技術(shù),于2月21日直接從尿液中獲得病毒全基因組序列。
據(jù)專家介紹,這是中國首次獲得寨卡病毒全基因組序列,也是全球首次直接從患者尿液中獲得病毒全基因組。該病毒基因組全長10.8kb,系統(tǒng)進化分析表明,屬于亞洲世系,與巴西、蘇里南、波多黎各等美洲國家流行毒株同源性為99.7%;核苷酸序列比對發(fā)現(xiàn)20個突變位點,其中5個突變位點導(dǎo)致氨基酸改變。寨卡病毒全基因組序列的獲得,為病毒的溯源和進化提供了重要證據(jù),可用于指導(dǎo)診斷試劑、疫苗和藥物的研發(fā),使中國在全球寨卡疫情防控中占得先機。
寨卡(Zika)病毒屬于黃病毒屬黃病毒科,是一種主要由伊蚊傳播的蟲媒病毒。1947年首次在烏干達寨卡叢林中的恒河猴體內(nèi)分離出該病毒,全長基因組序列在2007年被測出。寨卡病毒流行的地理分布、臨床表現(xiàn)與登革熱、基孔肯雅熱十分相近,且均為蚊蟲叮咬傳播,因此很容易造成誤診。
本次寨卡病毒全基因組序列測定是在賽默飛公司Ion Torrent測序平臺完成的, Ion Torrent測序平臺是革新性的半導(dǎo)體芯片測序技術(shù)平臺,通過密布于半導(dǎo)體芯片上的微反應(yīng)孔和專有的大規(guī)模并行芯片感應(yīng)器,采用獨特的氫離子檢測原理,使研究人員能夠在2至7小時內(nèi),獲取10Mb到2Gb以上的高[accuracy]度序列。Ion Torrent的化學測序原理簡單真實、無修飾的核苷酸、無激光器或光學檢測設(shè)備,適合多種測序通量的科學研究,在[much]短時間內(nèi)獲得真實可靠的實驗結(jié)果。
Ion Torrent快速的測序技術(shù)為突發(fā)事件提供了有力保障,迅速地助力重大疫情的破譯和防控,下圖為近幾年Ion Torrent平臺破譯的疫情 。