顯微鏡的出現使人看到許多以前從未看到過的一些東西，如細胞、細菌、病毒等，顯微鏡是生物學研究的重要儀器之一，它是由一個透鏡或幾個透鏡的組合構成的一種光學儀器是人類進入原子時代的標志。主要用于放大微小物體成為人的肉眼所能看到的儀器。

據悉霍華德•休斯醫學研究所的科學家們開發了一個革命性的新工具，可以在動物大腦中長時間性標記神經元活動。在神經元激發鈣離子流入時，這個工具（熒光蛋白CaMPARI）會從綠色變為紅色。在此前研究者們需要在正確的時間使用顯微鏡來聚焦正確的細胞觀察神經元活動，現在這個長時間性的熒光標記為他們帶來了解放。

對鈣離子敏感的GCaMP能夠根據神經活性發出熒光信號，被用來跟蹤神經網絡的動態。但GCaMP的信號是暫時的，如果顯微鏡沒有及時對準正確的大腦細胞，研究者很容易錯過信息。而CaMPARI能夠超越顯微鏡視場的限制，幫助人們分析大范圍腦組織的神經活動。這個新工具還允許人們在更復雜的行為中成像神經活動，因為它可以用于自由活動的動物。

顯微鏡在醫學、工農業生產中顯微鏡也有著重要用途，例如在醫學診斷上,可對人血液中的紅細胞進行計數等，顯微鏡是16世紀末葉,荷蘭密得爾堡一個眼鏡店的老板詹森和他的父親罕斯發明的。